En el territorio de Belmonte de San José restos arqueológicos de la Edad del Hierro y de época ibérica nos muestran la antigua ocupación de estas tierras.
Pero va a ser durante la reconquista cuando esta zona va a ser donada a la Orden de Calatrava. Alfonso II en 1179 entrega gran parte de Bajo Aragón a los calatravos que formarán una encomienda con sede en Alcañiz.
El año 1232 el maestre de la orden dio Carta de Población a Belmonte y en 1337 se le otorga Carta de Franquicia, obteniendo el título de villa.
Se denominó Belmonte hasta 1917. Belmonte de Mezquín desde 1917 y finalmente, Belmonte de San José desde 1979
En cuanto a administración, Belmonte de San José ha formado parte, de forma sucesiva, a la encomienda de la orden de Calatrava de Alcañiz, a la sobrecullida de Alcañiz (1488-1495), a la vereda de Alcañiz (1646) y al corregimiento de Alcañiz (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Alcañiz.